A trama inicia em 1967, durante os motins de Kisangani, um vírus é descoberto na selva africana. Trata-se de 'Motaba' que causa um febre capaz de matar em poucas horas.
Afim de manter o vírus em segredo, os oficiais do Exército dos Estados Unidos Donald McClintock (Donald Sutherland) e Billy Ford (Morgan Freeman) ordenam a execução de todos os soldados infectados.

Quase trinta anos depois, o coronel e virologista Sam Daniels (Dustin Hoffman) é enviado para investigar um surto no Zaire. Juntamente com sua equipe, eles coletam informações preciosas sobre o 'novo vírus'. Ford, que se tornou general de brigada, descarta os temores de Daniels de que o vírus se torne uma epidemia.

No entanto, um macaco infectado é contrabandeado para os Estados Unidos. James Scot (Patrick Dempsey) rouba o animal e acaba contraindo o vírus, ele contamina sua namorada, Alice (Kellie Overbey). Quem investiga a misteriosa doença do casal é a Dra. Roberta Keough (Rene Russo), ex-mulher de Daniels, ela garante o o vírus não se espalhou.

No entanto, um técnico do hospital sofre um pequeno acidente no laboratório e acaba sendo infectado pelo vírus. Ele, sem saber, infecta várias pessoas durante uma sessão de cinema. A pequena cidade é colocada de quarentena. Daniels contraria às ordens do seu chefe e desembarca na cidade com sua equipe.

O virologista encontra um soro experimental que cura a cepa original e percebe que Ford já estava ciente da existência do vírus. Enquanto McClintock planeja usar os mesmos métodos do passado para ocultar o vírus, Daniels e sua equipe precisam correr contra o tempo para encontrar o animal infectado e impedir esse desativo do general.