A trama apresenta Thomas (Peter Mullan), James (Gerard Butler) e Donald (Connor Swindells), que iniciam o turno de seis semanas cuidando do remoto Farol Flannan Isles. Tudo parecia bem, até que, após uma tempestade, eles encontram um pequeno barco preso nas rochas e um homem aparentemente sem vida.

Donald é escolhido para descer o penhasco, lá embaixo, ele avista um pequeno baú. Enquanto Thomas e James puxam o baú para cima com a corda, o homem, que todos pensavam estar morto, desperta e ataca Donald, e este para se defender, acaba matando-o. 

Após abrirem o baú e verem o que havia dentro, eles arquitetam um plano. No entanto, dois estranhos, Locke (Søren Malling) e Boor (Ólafur Darri Ólafsson), desembarcam na ilha em busca do barco, do homem e do baú. Ao descobrirem que os três guardiões não falaram a verdade, os estranhos voltam a ilha em busca de vingança. A partir daí a tensão aumenta a cada minuto...

"O Mistério do Farol" é um thriller tenso do inicio ao fim. Isolados numa ilha, os personagens desta história são conduzidos por um caminho sem volta, a paranoia deles aumenta conforme a ganância se aflora. 

O filme é interessante por mostrar como isolamento combinado com situações de estresse extremo pode afetar o psicológico das pessoas. No entanto, nunca foi descoberto o que realmente aconteceu com os três guardiões do farol Flannan Isles. Às vezes histórias reais podem ser ainda mais assustadores que na ficção.