No entanto, Steve Rogers continua discordando da forma como Nick Fury (Samuel L. Jackson) mantém uma série de segredos sobre suas atividades, algo que se voltará contra eles.

O herói focaliza nas suas missões na S.H.I.E.L.D., porém, quando a Viúva Negra (Scarlett Johansson) coloca uma missão em risco por causa das ordens recebidas por Nick Fury, Steve vai confrontá-lo e descobre sobre o projeto Insight, no qual porta aviões carregados de armamentos estão apostos para supostos alvos. Obviamente, Capitão América é contra o projeto e deixa isso bem claro.

 Nick Fury não consegue descodificar os códigos do pen drive que contém dados roubados por Natasha. Desconfiado, ele vai buscar respostas para suas perguntas e acaba sofrendo um grave atentado. Pouco antes, ele diz a Steve para não confiar em ninguém.

Steve acaba sendo interrogado por Alexander Pierce (Robert Redford), membro da World Security Counsel. O herói diz nada saber sobre o atentado, mas não consegue convencer Pierce que ordena a detenção de Steve e Natasha.

A medida que uma conspiração é formada e a confiança é destruída, o herói terá de aliar-se à Viúva Negra e ao Falcão (Anthony Mackie) para combater um inimigo misterioso e traiçoeiro, o Soldado Invernal, e as forças responsáveis por sua aparição.